Ústav geografie vznikol na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach v roku 1998 ako Katedra geografie. Jej zakladateľom a prvým vedúcim bol doc. RNDr. Zdenko Hochmuth, CSc. V prvých rokoch sa Katedra geografie profilovala ako pracovisko zamerané na prípravu učiteľov geografie, na ktorom sa poskytoval študijný program učiteľstva všeobecnovzdelávacích predmetov v kombinácii s matematikou a fyzikou, postupne pribudli aj ďalšie kombinácie s biológiou, chémiou a informatikou. Vo vedecko-výskumnej oblasti bolo ťažisko výskumu v tomto období orientované na oblasť fyzickej geografie (geomorfológia, karsológia, hydrológia, kvartérna geológia, pedológia), čo odzrkadľovalo profiláciu niektorých zamestnancov (doc. RNDr. Zdenko Hochmuth, CSc., prof. RNDr. Ján Košťálik, DrSc., RNDr. Dušan Barabas, CSc.).
V roku 2004 sa Katedra geografie transformovala na Ústav geografie. Výrazne sa personálne posilnil hlavne o odborníkov na oblasť humánnej a regionálnej geografie. Ústav geografie od roku 2005 rozšíril ponuku študijných programov aj o jednoodborové štúdium geografie. Dôležitú úlohu pri rozvíjaní pracoviska zohral v tomto období prof. RNDr. Peter Spišiak, CSc. Výskumné aktivity sa postupne rozšírili aj na oblasť humánnej a regionálnej geografie – štúdium transformácie a štruktúry mesta, rurálnych a suburbánnych štruktúr a problematika migrácie obyvateľstva.
Ďalším impulzom pre rozvoj Ústavu geografie bolo získavanie finančných prostriedkov z národných a medzinárodných grantových schém spolufinancovaných Európskou úniou. Tak sa podarilo vybudovať špecializované laboratória. Od roku 2012 pôsobí na Ústave geografie prof. Mgr. Jaroslav Hofierka, PhD., čo sa odzrkadlilo aj vo vedecko-výskumnej oblasti a orientácii na oblasť geoinformatiky. Od roku 2013 sa stal riaditeľom Ústavu geografie. Prirodzeným vývojom došlo v roku 2013 k reorganizácii vnútornej štruktúry, ktorá reflektuje vedecko-výskumnú profiláciu pracovníkov. Vznikli tri oddelenia – Oddelenie fyzickej geografie, Oddelenie humánnej a regionálnej geografie a Oddelenie geoinformatiky. V roku 2014 sa Oddelenie geoinformatiky personálne posilnilo príchodom prof. Ing. Vladimíra Sedláka, PhD., ktorý má bohaté skúsenosti v oblasti geodézie a aplikovanej geoinformatiky. V roku 2016 sa na Prírodovedeckej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave úspešne habilitoval doc. Mgr. Michal Gallay, PhD. v odbore fyzická geografia a v roku 2018 na Banícko-geologickej fakulte VŠB – Technickej univerzity v Ostrave doc. RNDr. Ján Kaňuk, PhD. v odbore geoinformatika.
