Tradícia univerzitného školstva v Košiciach vznikla už v roku 1657 založením univerzity „Academia Cassoviensis“ biskupom Benediktom Kisdym. Zlatá bula , udelená 6. augusta 1660 rímskym cisárom Leopoldom I., zabezpečila univerzite podobné privilégiá ako univerzitám vo Viedni, v Prahe a v ďalších európskych mestách. Univerzita v zmenenej podobe, najprv ako Kráľovská, neskôr Právnická akadémia pretrvala až do roku 1921.
V modernej forme bola univerzita v Košiciach založená v roku 1959 ako druhá univerzita na Slovensku. Znamenala dôležitý príspevok k rozvoju vzdelávacích a vedecko-výskumných aktivít v Košiciach. Univerzita bola pomenovaná po vedcovi, básnikovi, jazykovedcovi, etnografovi a archeológovi Pavlovi Jozefovi Šafárikovi (1795 – 1861). V čase svojho vzniku pozostávala UPJŠ z Lekárskej a Filozofickej fakulty. Postupne boli vytvorené ďalšie fakulty UPJŠ v Košiciach a v Prešove: Prírodovedecká fakulta, Právnická fakulta, Pedagogická fakulta, Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta a Pravoslávna bohoslovecká fakulta.
Univerzita P.J.Šafárika bola 1. januára 1997 rozdelená na dve univerzity : Univerzitu P.J.Šafárika v Košiciach a Prešovskú univerzitu v Prešove. Dnes sú súčasťou UPJŠ v Košiciach 4 fakulty: Lekárska fakulta, Prírodovedecká fakulta, Právnická fakulta a Fakulta verejnej správy.
Prírodovedecká fakulta je významnou vedeckou inštitúciou. Dosiahnuté výsledky vo všetkých prírodovedeckých odboroch: biológia, fyzika, chémia, informatika a matematika, ktoré sa študujú buď samostatne alebo v učiteľských aprobáciách, bohatá publikačná aktivita, medzinárodné kontakty a spolupráca s praxou umocňujú jej významné postavenie medzi vedeckými pracoviskami nielen na Slovensku, ale i v Európe a vo svete. Prioritnou úlohou fakulty vo vedeckovýskumnej činnosti je podpora grantovej úspešnosti, posilnenie interdisciplinárneho a multidisciplinárneho charakteru vedy a výskumu a rozšírenie medzinárodnej spolupráce, predovšetkým zaspojením sa do európskych vedeckých a vedeckotechnických projektov. Využitím multidisciplinarity našej fakulty a univerzity dochádza k postupnej integrácii existujúcich smerov výskumu .
Dekani Prírodovedeckej fakulty od roku 1963
 |
 |
 |
 |
| Akademik V. Hajko 1963 – 1969 |
Akademik T. Kolbenheyer 1969 – 1972 |
Prof. RNDr. J. Daniel-Szabó 1972-1985 |
Doc. RNDr. P. Šoltés, CSc. 1985-1986 |
 |
 |
 |
 |
| Doc. RNDr. J. Skoršepa,CSc. 1986-1989 |
Prof. Ing. D. Podhradský, DrSc. 1990-1997 |
Prof. RNDr. A. Feher, Dr.Sc. 1997-2003 |
Doc. RNDr. P. Sovák, CSc. 2003- |
