Na Ústave informatiky sú zriadené v súčasnosti viaceré špecializované laboratóriá. Ich cieľom je koncentrovať materiálno-technické (meracie a analytické prístroje, hardvér a pod.) a nehmotné vybavenie (technológie, softvér a údaje) primárne pre podporu výskumných aktivít pracovníkov Ústavu informatiky. Vybavenie laboratórií sa využíva aj pre potreby výučby.
