Členovia Katedry bunkovej biológie sa zameriavajú na nasledujúce oblasti výskumu:
Hypericín, skyrín, fotodynamická terapia a mnohopočetná lieková rezistencia nádorov:
Výskum je zameraný predovšetkým na experimentálnu onkológiu. Na modeli nádorových bunkových línií, sféroidov vytvorených z nádorových bunkových línií a mikronádorov kreovaných na chorioalantoickej membráne embryí prepelice japonskej skúmame vplyv hypericínu a skyrínu na angiogenézu, proteíny zapojené do priestorovej organizácie a adhezívnosti, ako aj schopnosť modulovať veľkosť a vlastnosti rezistentnej, tzv. bočnej populácie buniek. V rámci výskumu sa zaoberáme aj štúdiom vplyvu polymorfizmov transportného proteínu BCRP a hypoxie na akumuláciu hypericínu so zameraním hlavne na mechanizmus regulácie ABC transportných proteínov.
DNA /RNA aptaméry:
Výskum sa zaoberá možnosťami uplatnenia rôznych funkčných RNA molekúl (aptaméry, siRNA, a podobne) v personalizovanej medicíne. Našou snahou je zostavenie DNA-RNA nanočastíc, ktoré v svojej štruktúre majú zabudované viaceré funkčné RNA, takým spôsobom, že k ich aktivácii dôjde len v nádorových bunkách. Druhou líniou výskumu je vývoj RNA aptaméru špecifického voči SARS-CoV2 Spike proteínu.
Vývojové procesy v mieche:
Na modelovom organizme laboratórneho potkana skúmame vývinové procesy, ktoré stoja za produkciou, migráciou a vzájomnými interakciami jednotlivých typov nervových a gliových buniek vo vyvíjajúcej sa mieche a priľahlých štruktúrach v druhej polovici intrauterinného vývinu, počas prvých postnatálnych týždňov života a v dospelosti u intaktných jedincov, ako aj v reakcii na minimálne poranenie miechy. Vývin nervového systému študujeme pomocou histologických a imunofluorescenčných techník, konfokálnej a elektrónovej mikroskopie a molekulárno-biologických analýz. Samostatnú líniu výskumu predstavujú farmakokinetické analýzy vybraných substancií in vivo.
Základné experimentálne vybavenie (pozri fotogalériu)
Laboratórium bunkových kultúr
Laboratórium slúži na prácu s bunkovými kultúrami a chorioalantoickou membránou embryí prepelice japonskej. Súčasťou laboratória je kompletné vybavenie potrebné na realizáciu experimentov in vitro a ex ovo: laminárne boxy (TELSTAR BIOSTAR, AURA 2000 M. A., BioAir Instruments), inkubátory (Heraeus Instruments Labortechnik, Thermo Forma Steri-Cycle) s reguláciou množstva CO2 v atmosfére, inkubátor s reguláciou vlhkosti a teploty na kultiváciu vajíčok prepelice japonskej (Brinsea, Ova-Easy), laboratórne centrifúgy s chladením (Boeco), invertovaný mikroskop (Motic AE 2000) s digitálnou videokamerou (MOTICAM 5), termomixér komfort (Eppendorf) a zariadenie na aktiváciu hypericínu (595 nm 2 x 25 LED, 1 J. cm-2, KVANT s.r.o.). Medzi ďalšie vybavenie laboratória spojené s kultiváciou a analýzou buniek patrí automatický analyzátor počtu a viability buniek (Vi-Cell XR), automatický mikroskop schopný pracovať vo fázovom kontraste a v duálnej fluorescencii bez potrebnej interakcie človeka (IncuCyte) a kultivačná komora s regulovanou atmosférou (regulácia CO2, O2, teploty a vlhkosti) (Coy Lab Products).
Laboratórium molekulovej biológie
Laboratórium slúži na detekciu rôznych markerov za použitia rozličných molekulárno-biologických metód ako napr. PCR/qPCR/dPCR, western blot, detekcia absorbancie, chemiluminiscencie a fluorescencie, čipová kapilárna elektroforéza a pod. Molekulárno-biologické laboratória sú vybavené kompletnou infraštruktúrou na izoláciu DNA/RNA/proteínov, ich kvantifikáciu (Nanodrop One) ako aj systémom pre snímanie a vyhodnocovanie elektroforetických analýz (ChemiDoc XRS+, Denzitometer GS-800).
Laboratórium analytickej cytometrie
Laboratórium je vybavené prietokovým cytometrom BD FACSCalibur a sortrom BD FACSAria II SORP, ktorý umožňuje multiparametrickú analýzu fluorescencie rôznych častíc (najčastejšie buniek) pripravených v suspenzii a ich následné delenie na samostatné populácie na základe ľubovoľnej kombinácie analyzovaných parametrov. Takto je možné analyzovať a izolovať aj vzácne sa vyskytujúce elementy ako napr. kmeňové bunky, nádorové a nenádorové bunky a pod. Medzi ďalšie vybavenie laboratória patria laboratórne centrifúgy s chladením (Boeco, Labogene), platničkový spektrofluoroluminometer (BMG FLUOstar Optima), NANODROP ONE (Thermoscientific), BioSpec-nano (Schimadzu), elektroforetické aparatúry (Bio-rad PowerPaC Universal), molekulárny zobrazovací systém (Bio-rad ChemiDoc XRS+), PCR termocyklér (Bio-rad C1000), RT-PCR termocyklér (Bio-rad CFX96) a digitálna PCR (dPCR).
Súčasťou laboratória je fluorescenčný mikroskop DMI 6000 B (Leica Microsystems) s mikromanipulátorom a vysokovýkonnou metalhalidovou výbojkou vhodnou na excitáciu fluorofórov v ultrafialovej, zelenej a červenej oblasti, ako aj svetelným zdrojom vhodným na snímanie v jasnom poli (tzv. brightfield). Mikroskop tiež disponuje RGB filtrom vhodným na vyhodnocovanie kolokalizácií. Mikroskop je vybavený čiastočne motorizovaným stolčekom v rovine Z a štandardnou sadou objektívov a vysokocitlivou čiernobielou kamerou. Konfokálny mikroskop Leica TCS SP5 X vybavený bielym laserom (tzv. WLL) a argónovým laserom, ktorý je určený na trojrozmernú mikroskopickú analýzu a sledovanie dynamických zmien v čase v bunkách a tkanivách s možnosťou fluorescenčnej spektrálnej analýzy. Mikroskop umožňuje snímať snímky v jednej rovine, ako aj série optických rezov (Z-stacky), tvorbu ortogonálnych (X-Z a Y-Z) projekcií, projekciu maximálnej intenzity a kolokalizačné štúdie na celulárnej a subcelulárnej úrovni.
Laboratórium vývinovej neurobiológie
Laboratórium vývinovej neurobiológie je zariadené infraštruktúrou, ktorá umožňuje vykonávať izoláciu tkanív, realizáciu imunohistochemických a imunofluorescenčných značení. Laboratórium slúži na spracovanie tkanív a buniek pre svetelnú, fluorescenčnú, konfokálnu a elektrónovú mikroskopiu a pre analýzy expresie mRNA a techniky in situ hybridizácie. Tkanivové rezy sú krájané pomocou mikrotómu a kryotómu. Súčasťou laboratória je svetelný mikroskop s kamerou a programom na morfometrické vyhodnocovanie preparátov, operačný mikroskop, centrifúga, hybridizačná pec a ostatné drobné prístroje nevyhnutné pre spracovanie a analýzu tkanivových vzoriek a buniek.
