Katedra mikrobiológie vznikla v roku 2015 odčlenením od Katedry bunkovej biológie a rozšírila tak spektrum klasických biologických katedier na Ústave biologických a ekologických vied (ÚBEV). Jej prvým vedúcim bol doc. RNDr. Peter Pristaš, CSc. Aktuálne ju tvorí sedem stálych zamestnancov, čím sa radí medzi najmenšie katedry v rámci ÚBEV.
Katedra sa od svojho začiatku zameriavala na environmentálnu mikrobiológiu, predovšetkým na štúdium extrémofilov – mikroorganizmov prežívajúcich v prostrediach s extrémnymi fyzikálnymi parametrami, ako sú teplota (nad 55°C či pod 20°C), vysoko alkalické alebo kyslé pH (pH < 4 alebo pH > 8), salinita (2-5 M NaCl alebo KCl), v prítomnosti radiácie, ťažkých kovov (arzén, kadmium, meď, zinok) či za nedostatku živín (napr. baktérie zo sírnych prameňov).
Ďalším výskumným smerom Katedry mikrobiológie je genetická ekológia, konkrétne štúdium mechanizmov šírenia génov antibiotickej rezistencie v mimonemocničnom prostredí, ako aj štúdium vplyvu rôznych faktorov na toto šírenie (znečistenie iónmi kovov a vznik skríženej rezistencie voči kovom a antibiotikám).
