Klinika neonatológie vznikla v júni 2005 transformáciou novorodeneckého oddelenia, ktoré pozostávalo z fyziologického úseku, oddelenia pre novorodencov s nízkou pôrodnou hmotnosťou a z jednotky intenzívnej starostlivosti. V marci 2006 bola klinika delimitovaná z UNLP do DFN okrem úseku fyziologických novorodencom.
V roku 2004 prebehla rozsiahla rekonštrukcia jednotky intenzívnej starostlivosti, pri presune oddelenia z 1. poschodia na 16. poschodie monobloku.
V roku 2011 sa podarilo upraviť miestnosť prvého ošetrenia na pôrodnom sále a umiestniť špecializované resucitačné lôžko do tesnej blízkosti pôrodného sálu.
Od roku 1991 zabezpečujú pracovníci kliniky transport novorodencov na seba prednostne z regiónu košického kraja.
V súčasnosti pracuje na klinike spolu: 10 lekárov (4 sú neatestovaní), 39 sestier pri lôžku, 1 zdravotnícky asistent, 1 dokumentátorka, 6 sanitári.
Ročne prijíma do 400 zrelých aj nezrelých novorodencov s najvážnejšími formami orgánových komplikácií, vrodenými vývinovými chybami a nezrelých novorodencov s nízkou a extrémne nízkou pôrodnou hmotnosťou.
