- Ústav anatómie
- Ústav farmakológie
- Ústav lekárskej a klinickej biofyziky
- Ústav lekárskej a klinickej biochémie
- Ústav lekárskej biológie
- Ústav lekárskej informatiky a simulátorovej medicíny
- Združená tkanivová banka
- I. gynekologicko-pôrodnícka klinika
- I. chirurgická klinika
- I. interná klinika
- I. klinika detí a dorastu
- I. stomatologická klinika
- II. gynekologicko-pôrodnícka klinika
- II. chirurgická klinika
- III. interná klinika
- IV. interná klinika
- Klinika infektológie a cestovnej medicíny
- Klinika kardiológie
- Klinika otorinolaryngológie a chirurgie hlavy a krku
- Klinika pneumológie a ftizeológie
- Klinika stomatológie a maxilofaciálnej chirurgie
- Klinika úrazovej chirurgie
- Neurologická klinika
- Urologická klinika
