Vedecko-výskumná činnosť sa zameriava na aplikáciu nových miniinvazívnych operačných postupov a sledovanie ich výsledkov v chirurgickej praxi, ako je napríklad monitorovanie faktorov ovplyvňujúcich dehiscenciu črevných anastomóz po laparoskopických kolorektálnych resekciách. Zaoberá sa aj štúdiom nových možností v onkoplastickej chirurgii prsníka.
Klinika sa pravidelne zapája do riešenia VEGA projektov, v súčasnosti sa realizuje projekt, ktorého cieľom je výskum a vývoj hydrogélov obsahujúcich rastlinné extrakty a ich vplyv na stimuláciu a hojenie rán.
V oblasti výskumu nešpecifických črevných zápalov sleduje možnosti chirurgického riešenia s dôrazom na prevenciu neskorých komplikácií a v poslednom období, ako jedno z vybraných centier na Slovensku, aj aplikáciou kmeňových buniek a sledovaním ich účinku na hojenie zápalových komplikácií pri Crohnovej chorobe.
