Súčasťou medzinárodnej vedeckovýskumnej a vzdelávacej činnosti UPJŠ, fakúlt a jednotlivých zamestnancov je aktívna participácia na činnosti organizácií a orgánov, kde majú fakulty alebo jednotlivci členstvo. Sledovanie počtu a vývoja členstiev expertov z fakúlt a pracovísk má zmysel najmä z dôvodu, že členstvá sa považujú za jednu z platforiem vo vytváraní dlhodobých zahraničných kontaktov a sietí a spolupráce na spoločných medzinárodných projektoch.
Dlhodobo sa celkový počet inštitucionálnych a individuálnych členstiev na UPJŠ drží na úrovni nad 400 členstiev. Jednotlivé členstvá sú pre expertov a pracoviská prínosom najmä v oblasti medzinárodnej reprezentácie pracoviska a univerzity, modernizácie výučby, zvyšovania odbornej kvalifikácie, spoločných publikácií, prípravy spoločných projektov.
UPJŠ je členom v týchto medzinárodných orgánoch a organizáciách:
- The European University Association – EUA
- The Magna Charta Universitatum
- Slovensko-francúzsky univerzitný inštitút – L’Institut universitaire franco-slovaque (IUFS)
- The American Chamber of Commerce in Slovakia – AmCham
- The British Chamber of Commerce in the Slovak Republic – BritCham
- Košice IT Valley
UPJŠ v Košiciach považuje za zásadné členstvo svoju participáciu na aktivitách a stretnutiach EUA (European University Association), ktorá je lídrom v tvorbe stanovísk k svetovému dianiu v oblasti univerzitného vzdelávania. Dôležitým členstvom UPJŠ je jej zastúpenie v Slovensko-francúzskom univerzitnom inštitúte, taktiež hlásenie sa k myšlienkam Magna Charta Universitatum Observatory, ktorej je UPJŠ signatárom. K internacionalizácii univerzity prispieva aj členstvo UPJŠ v združení Košice IT Valley. UPJŠ aktívne spolupracuje so SAAIC a SAIA v oblasti propagácie mobilít a štipendií, aktívne sa zúčastňuje ich konferencií a workshopov.
