Poslaním Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach je prispievať k rozvoju vzdelanosti, poznania, vedy a kultúry v súlade s potrebami spoločnosti, rozvíjať vedomosti, zručnosti, prenositeľné spôsobilosti, múdrosť, tvorivosť a dobro človeka a tým prispievať k rozvoju vedomostnej spoločnosti. Vychádza pritom zo svojich historických tradícií Universitas Cassoviensis a jej významu pre rozvoj ľudského poznania, vzdelanosti a kultúry a jej poslania slúžiť pravde a rozvíjať ideály ľudstva.
Pri realizácii tohto poslania sa Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach opiera o svoje hodnotové princípy uvedené v Štatúte UPJŠ a vychádzajúce z akademických slobôd zakotvených v Ústave Slovenskej republiky, predovšetkým slobodu vzdelávania a vedeckého bádania, ale aj autonómiu a nezávislosť od mocenských či politických štruktúr. Nemenej dôležitým princípom je porozumenie a tolerancia zaručujúca rovnaké zaobchádzanie vo vzdelávaní a výskume so všetkými študentmi a zamestnancami bez ohľadu na pohlavie, náboženské vyznanie alebo vieru, osobný stav, farbu pleti, jazyk, politické alebo iné zmýšľanie, odborovú činnosť, národný alebo sociálny pôvod, zdravotné postihnutie, vek alebo majetok.
Víziou Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach je poskytovať moderné a inovatívne vzdelávanie, podporovať excelentný výskum a prispievať k spoločenskému rozvoju prostredníctvom vzdelávania, vedy a spolupráce s verejným aj súkromným sektorom. Našim hlavným cieľom je etablovať sa ako moderná, medzinárodne uznávaná inštitúcia poskytujúca vzdelanie a realizujúca výskum na rešpektovanej medzinárodnej úrovni. Univerzita si je vedomá svojej spoločenskej zodpovednosti presahujúcej hranice regiónu a štátu, je budovaná ako kozmopolitná univerzita a jej ambíciou je byť poprednou univerzitou na Slovensku a zaradiť sa do prvej štvrtiny najlepších univerzít v strednej Európe.
Univerzita si je vedomá svojej spoločenskej zodpovednosti presahujúcej hranice regiónu a štátu, je budovaná ako kozmopolitná univerzita a jej ambíciou je byť poprednou univerzitou na Slovensku a zaradiť sa do prvej štvrtiny najlepších univerzít v strednej Európe.
