Podľa rankingu univerzít URAP 2013 (University Ranking by Academic Performance) sa UPJŠ v Košiciach na základe výkonov vo vede evidovaných v databáze Web of Science (WoS) umiestnila na 3. mieste na Slovensku (po Univerzite Komenského v Bratislave a Slovenskej technickej univerzite v Bratislave), na 430. mieste v Európe a na 1232. mieste na svete spomedzi 2000 hodnotených svetových univerzít.
 	 
| 
 Poradie v Európe  | 
 Názov univerzity  | 
 Poradie vo svete  | 
| 
 215  | 
 Univerzita Komenského v Bratislave  | 
 495  | 
| 
 430  | 
 Slovenská technická univerzita v Bratislave  | 
 1096  | 
| 
 478  | 
 Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach  | 
 1232  | 
Kritériá, podľa ktorých boli univerzity v rámci rankingu URAP 2013 hodnotené:
- vedecká produktivita určená počtom článkov publikovaných v roku 2012 a evidovaných v databáze WoS (váha 21 %),
 - vedecký význam prác vyjadrený počtom citácií získaných v roku 2012 na články publikované v rokoch 2008-2012 a evidované v databáze WoS; autocitácie sa vylúčili (váha 21 %),
 - udržateľnosť a kontinuita vedeckej produktivity vyjadrená celkovým počtom dokumentov publikovaných v roku 2012 a evidovaných v databáze WoS (váha 10 %),
 - vedecký význam odvodený od sumy impakt faktorov časopisov, v ktorých zamestnanci univerzity publikovali články v rokoch 2008 až 2012 (váha 18 %),
 - citačná kvalita založená na impakt faktoroch časopisov obsahujúcich citujúce práce (váha 15 %),
 - svetová akceptácia univerzity vyjadrená celkovým počtom publikácií, ktoré vznikli na základe medzinárodnej spolupráce so zahraničnými univerzitami; použili sa publikácie z rokov 2008-2012 evidované v databáze WoS.
 
Pre účely porovnania výsledkov je vhodné uviesť, že UPJŠ v Košiciach mala v roku 2012 712 tvorivých zamestnancov (VŠ učiteľov a výskumných zamestnancov), UK (podľa výročnej správy) 2300 tvorivých zamestnancov) a STU (podľa výročnej správy) má 1597 tvorivých zamestnancov.
