Na UPJŠ v Košiciach pôsobí aj šesť Špičkových vedeckých tímov - Kvantový magnetizmus a nanofyzika (QMAGNA) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Tím výskumu bioaktívnych látok pre biomedicínske aplikácie (Bioaktiv) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Excelentný tím pre výskum aterosklerózy (EXTASY) na Lekárskej fakulte UPJŠ v Košiciach, Tím pre špičkový výskum anorganických materiálov (TRIANGEL) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach, Košická Skupina Diskrétnej Matematiky (KOSDIM) na Prírodovedeckej fakulte UPJŠ v Košiciach a Onomaziológia – slovotvorba – typológia (OST) na Filozofickej fakulte UPJŠ v Košiciach.
