Výskum na oddelení lekárskej a klinickej biofyziky je zameraný na sledovanie proteomických zmien klinických vzoriek ako aj bunkových línií s využitím hmotnostnej spektrometrie. Laboratórium je zamerané na tzv. shotgun analýzu s využitím identifikácie proteínov prístupom zdola nahor (pomocou identifikácie peptidov získaných digesciou proteínov vhodným enzýmom, zvyčajne trypsínom), ale dokážeme analyzovať aj celé molekuly bielkovín pomocou tzv. bottom-up analýzy, zhora nadol. Na separáciu peptidu / proteínu sa používajú rôzne metódy využívajúce jednorozmernú alebo dvojrozmernú gélovú elektroforézu, frakcionáciu mimo gélu alebo viacrozmernú HPLC. Laboratórium sa venuje štúdiu vplyvu neionizačných elektromagnetických polí na fyziologické a biochemické procesy v bunkách ako aj na zmenu ich proteómu. Nakoľko enzýmy a ostatné molekuly majú vlastný magnetický moment rovnako ako aj molekuly liečiv, vynára sa zaujímavá možnosť skúmania ovplyvňovania terapie magnetickými poľami pomocou konštruovaného zariadenia. Na laboratórne línie humánnych nádorových buniek, chondrocyty a baktérie sú aplikované neionizačné elektromagnetické polia v kombinácii s cytostatikami a ďalšími biologicky aktívnymi molekulami. V súčasnosti sa na ústave venujeme nasledovným témam: